29 listopada 1223 roku papież Honoriusz III bullą "Solet annuere" zatwierdził regułę świętego Franciszka. Na Boże Narodzenie tegoż roku Biedaczyna urządził w Greccio żywą stajenkę betlejemską. Odczytał Ewangelię o narodzeniu Pana Jezusa i wygłosił kazanie o tej tajemnicy i Dzieciątku Jezus. Surowy tryb życia, ciągłe pielgrzymki odbiły się na jego zdrowiu. Zaczęły go dręczyć coraz dotkliwsze cierpienia.
W lecie 1224 roku udał się na Alwernię, gdzie odbył czterdziestodniowy post ku czci świętego Michała Archanioła. Wtedy 14 września, w święto Podwyższenia Krzyża Świętego, ukazał się mu Chrystus w postaci serafina na krzyżu i odbił na ciele Franciszka swoje najświętsze rany. Święty otrzymał na dłoniach, stopach oraz boku wyraźne ślady po gwoździach. Krwawiły one i sprawiały mu wielki ból. Stawszy się żywym obrazem Chrystusa ukrzyżowanego, nękany cierpieniami ciała, każdego dnia coraz bardziej spalany płomieniem przekształcającej miłości, Franciszek dalej przebiegał drogi Włoch. W każdym miejscu czczono go i uważano za świętego. Jednak stygmaty i inne cierpienia oraz choroby oczu, wątroby i śledziony tak go osłabiły, że musiał zaprzestać swoich pieszych wędrówek apostolskich. Kontakt z braćmi i ludźmi utrzymywał za pomocą listów. Przebywając u świętego Damiana w celi przygotowanej w ogrodzie przez Klarę skomponował "Pieśń do brata słońca. Wiosną 1226 roku przebywając w Sienie poczuł się osłabiony. Podyktował wówczas swoją ostatnią wolę, błogosławił swoim braciom, nakazywał wzajemną miłość, wierność Pani Ubóstwa oraz szacunek wobec dostojników i duchownych Kościoła.
Krótko przed śmiercią pogodził między sobą biskupa Asyżu, u którego gościł, z podestą miasta.
Kiedy lekarz oznajmił mu zbliżającą się śmierć, ułożył ostatnią strofę swego kantyku, po czym poprosił, żeby przeniesiono go do Porcjunkuli. W połowie drogi zatrzymali się i Franciszek pobłogosławił miastu i braciom.
Franciszek zmarł 3 października 1226 roku w Porcjunkuli podczas śpiewu psalmu 142, wcześniej wysłuchawszy Męki według świętego Jana. Następnego dnia, 4 października, jego ciało przeniesiono z Porcjunkuli do kościoła świętego Jerzego, a cztery lata później do wybudowanej na polecenie papieża Grzegorz IX bazyliki. Tam papież kanonizował go 16 lipca 1228 roku. Franciszek pozostawił po sobie kilka pism: Napomnienia, reguły, Testament, listy i modlitwy.
